No Japão, o país com uma das maiores incidências de Kaijus do mundo, os monstros invadem sem piedade a vida quotidiana.  
Kafka Hibino trabalha numa empresa de limpeza de Kaijus e sempre sonhou pertencer à Força de Defesa, organização responsável pela eliminação destes monstros. 
Um dia, devido a uma criatura misteriosa, Kafka transforma-se em Kaiju e consegue uma nova oportunidade para ingressar na Força de Defesa, onde recebe o nome de código de “Kaiju N.º 8”.